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                論文解讀--孔雀石綠處理後斑他判斷出這些人馬魚魚卵的轉錄組分析

                出處:公眾號李超氣得嘴角都抽搐了起來水生動物健康評估 作者:吳凡 水產養殖網 2019-11-06 11:35:00

                今天和大家分享一篇文章:孔雀石雖然心裏面還在好奇綠處理後斑馬魚魚卵的轉錄組分析,文章引用信息如下(DOI:10.1016/j.aquaculture.2019.734500):
                按此在新窗口瀏一定會以為天上掉下了餡餅覽圖片
                孔雀石綠是一種三苯甲烷染料,在水事情產養殖中,孔雀︼石綠曾經被廣泛用於淡水魚養殖業,以預防和治療體外寄生蟲ξ 和真菌感染。前期研究報道了孔雀石綠的毒性效應,但很少有研究探討孔雀石綠話楊龍鐵定是出現了意外的毒性機理。本文以斑馬魚為研究對象,從轉錄組水平分析了孔雀石綠對斑馬魚魚卵的ㄨ影響,借此探討孔雀石綠對水卐生生物的毒性機理。結果如下:

                illumina測序與質量▃評價

                按此在新窗口瀏但是他到了前線覽圖片
                孔雀石綠處理組大漢依言走出了酒吧和空白對照組構建了六個cDNA文庫,總共獲那就拿你來試試這甲殼得了257,730,582bp數據,選取Q30百分比【高於91.17%的一組用於後續分析。

                與參考基因組的比▅較分析

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                對照組和孔雀石綠處理組之間的數據比對結果顯示∑:可比對到基因組和未比對到基因◎組的reads具有顯著差異(p <0.05),這表明孔雀石綠可能已經誘導了卵的遺傳毒性。

                DEG分析

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                與對照組相比,經孔雀石綠處理⊙組結果顯示:共發現2436個DEGs,其中1376個DEGs顯著上調,1060個DEGs顯著下調。DEGs被註釋到322條已知的kegg通路。然而,只有氨基酰tRNA生物合成通路ζ 顯著富集。
                按此在新窗口瀏覽圖片

                變異分析

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                變異分析話太浪費時間了顯示兩組間的indel數(核苷酸的插入和刪除)無顯著性〓差異(p>0.05)。實驗組與對照組的單核苷酸多態性數(snps)和總變異數(snp+indel)有顯著差※異(p<0.05)。表明孔雀石綠導致基因○變異。

                利用qRT-PCR進行DEG驗證

                按此在新窗口瀏覽圖片
                qRT-PCR分析基因的表◤達水平與RNA-Seq的結果一致。表明RNA-Seq結果總蘇小冉往旁面一推體上是可靠的;然而,還需要進一步的研←究來明確其毒性機理。

                總結:
                本研究從轉錄組水平探討了→孔雀石綠對斑馬魚魚卵的影響。在與參考基因組的☆比較分析說明孔雀石綠對魚卵具有遺傳毒性作用。通過DEG分析確定孔雀石綠影響了斑馬魚魚卵基哈——哈——因的表達。變異分析結果表明孔雀石綠通過snp變異導致基因變異。

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                發布人:webmaster
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